(1)由于缺乏病历保全的具体操作方法，法规规定病历封存是医患双方自己进行，因而各医疗机构完全凭着各自的理解进行操作，方法各异，极不规范，导致病历保全无效或者发生争议的事件时有发生，也给医疗事故处理办公室的调解工作带来被动。济南医疗事故律师李安南13506405345
 
　　(2)病历保全仅仅是医患双方参与，没有第三方见证，而发生医疗事故争端的医患双方多数已失去信任感，由这样的双方保全证据本身也缺乏可信度。
 
　　(3)缺乏对病历保全过程及封存后病历的真实性的监督，只要任何一方反悔或否认都可能引发对封存病历的争议，而且医疗机构、鉴定机构、人民法院、患者要证实病历的真实性都非常困难，举证成本极高。
 
　　(4)病历封存的具体时间，是患者住院期间，还是患者出院、治疗终结之后，没有明确规定。实际上，有的医疗事故发生在患者住院期间，病历资料并不完整，如抢救记录还来不及补记，且如果病人还在住院治疗，可能影响病人的治疗，病人在以后的治疗中还会产生新的病历资料。
 
　　(5)病历保管由医疗机构承担，加大医疗机构的责任，并会引发一系列矛盾。如医疗机构有意隐瞒封存的病历，宣称其丢失且否认曾经保管过病历;患方认为医疗机构对保存的病历做了手脚，对其真实性提出质疑等。
 
　　(6)具体的封存期限没有规定，使病历保管方额外承担无限期责任。
 
　　(7)除了医患双方之外，作为医疗事故处理的第三方，如卫生行政部门、卫生监督执法人员、医疗事故鉴定人员、法官、律师等是否有权启封病历，如何调阅封存的病历，没有明确规定。